多宝院の前身は「常陸国河内群大串村字寺山」にあったとされ、開創は建永年間(1206)、
御開山は嵬天和尚であったと伝わっています。
天文年間(1535)、下妻城三代目城主の多賀谷左近大夫家植公は当時の住職であった少伝宗誾和尚と
出会い深く帰依し、現在の地域に伽藍を建立しました。
その時より家植公の御法名「多宝院殿龍山祥潜大居士」を以て寺名を「潜龍山 多宝院」とし、
少伝宗誾和尚を御開山としています。
幾世代を経て第二十七世梅叟玄蘂和尚代、幕末に起こった尊皇攘夷をめぐる騒動の時、
水戸藩の中の過激派が筑波山で挙兵しました。【天狗党の乱】
その際、天狗党討伐のための幕府本陣が多宝院に置かれていたため襲撃され焼き討ちにあい、
七堂伽藍をはじめ寺宝や古文書などすべて焼失してしまいました。
時に元治元年(1864)七月のことでした。
以降しばらくは境内が荒廃した時期が続きましたが、明治40年(1907)、再建の第一歩を踏み出し、
平成3年(1991)、第三十七世廓然善道和尚代、本堂を再建し現在に至っております。